徳川二代将軍秀忠は、元和五年（1619）の伏見城の廃城に伴い、新たに桂川、宇治川、木津川の三川が合流する水陸の要所であるこの淀の地に松平越中守定綱に築城を命じて、元和九年（1623）に着工、寛永２年（1625）に竣工した。翌寛永３年、秀忠・家光父子が上洛の途次にはこの城を宿所としている。

寛永10年（1633）の国替えにより、永井尚政が城主となり、その後、諸大名が次々と入城したが享保８年（1723）５月、春日局の子孫である稲葉丹後守正知が下総佐倉から淀へ移り、明治維新までの百数十年間、この淀城は稲葉氏十万二千石の居城であった。

江戸時代の淀城は周囲に二重三重の濠をめぐらし「淀の川瀬の水車誰を待つやらくるくると」のうたで名高い水車は直径８メートルもあり、城の西南と北の二ヶ所に取り付けられていた。

淀城とその城下町の盛観は延享５年（1748）５月２日に来着した朝鮮通信使（将軍への祝賀使節）の様相を写した「朝鮮聘礼使淀城着来図」に詳しく描かれている。

昭和62年夏に石垣解体修理に伴い、発掘調査が伏見城研究会によって行われ、大小の礎石を含む石藏が発見された。これは四隅に櫓を持つ白亜五層の天守閣の地下室と基礎であり、宝暦６年（1756）の雷火で炎上する以前の雄姿を偲ばせるものである。

なお淀君ゆかりの淀城は現在の淀城跡ではなく、この位置から北方約500メートルの納所にあったと推定されている。

淀城址公園にある「淀城の由来」より引用

訪城記